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河流的渠道化和裁彎取直工程徹底改變了河流蜿蜒型的基本形態(tài)，急流、緩流相間的格局消失，而橫斷面上的幾何規(guī)則化，也改變了深潭、淺灘交錯的形勢，生境的異質(zhì)性降低，水域生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)與功能隨之發(fā)生變化，特別是生物群落多樣性將隨之降低，可能引起淡水生態(tài)系統(tǒng)退化。具體表現(xiàn)為河濱植被、河流植物的面積減少，生物多樣性降低，魚類的產(chǎn)卵條件發(fā)生變化，鳥類、兩棲動物和昆蟲的棲息地改變或避難所消失，造成物種的數(shù)量減少和某些物種的消亡。河床材料的硬質(zhì)化，切斷或減少了地表水與地下水的有機(jī)聯(lián)系通道，本來在沙土、礫石或黏土中辛勤工作的數(shù)目巨大的微生物再也找不到生存環(huán)境，水生植物和濕生植物無法生長，使得植食兩棲動物、鳥類及昆蟲失去生存條件。本來復(fù)雜的食物鏈（網(wǎng)）在某些關(guān)鍵種和重要環(huán)節(jié)上斷裂。如上所述，河流生態(tài)系統(tǒng)的重要特點(diǎn)是系統(tǒng)的整體性，即生態(tài)系統(tǒng)的各要素不能被分割而孤立存在。水是河流生態(tài)系統(tǒng)的重要要素，是河流生態(tài)系統(tǒng)的動脈。當(dāng)人們開發(fā)和利用水資源時(shí)，如果硬要把水與生物群落分割開來，放到一個直線線路、規(guī)則斷面并由人工材料建設(shè)的人工河道中，很顯然，這種新的河流生態(tài)系統(tǒng)將不再具備原來河流生態(tài)系統(tǒng)的整體功能和特點(diǎn)。

自然河流的非連續(xù)化造成的影響是將動水生境改變成了靜水生境，兩者分別對應(yīng)著動水生物群落和靜水生物群落。由于水庫水深遠(yuǎn)大于河流水深，太陽光輻射作用隨水深加大而減弱，在深水條件下，光合作用較為微弱，所以水庫生境的生態(tài)系統(tǒng)生產(chǎn)力較低，物質(zhì)循環(huán)和能量流動都不如河流生態(tài)系統(tǒng)那樣通暢。水庫的淡水生態(tài)系統(tǒng)是一個相對封閉的系統(tǒng)，與河流生態(tài)系統(tǒng)相比較為脆弱，表現(xiàn)為抗逆性較弱，自我恢復(fù)能力也弱。退化的水庫一般難于自我恢復(fù)，需要人類干預(yù)才有可能。水庫形成以后，原來河流上中下游蜿蜒曲折的形態(tài)在庫區(qū)消失了，主流、支流、河灣、沼澤、急流和淺灘等豐富多樣的生境代之以較為單一的水庫生境，生物群落多樣性在不同程度上受到影響。另外，筑壩以后給洄游魚類造成了不可逾越的障礙。如果沒有建設(shè)適合魚類習(xí)性的魚道，對某些瀕危的洄游魚類將是致命的打擊。